IMGT® - le système d'information international en ImMunoGénéTique

Les activités de recherche du Laboratoire d’ImmunoGénétique Moléculaire (LIGM), créé en Mars 1983 à Montpellier par les Professeurs Marie-Paule Lefranc and Gérard Lefranc (Université de Montpellier et CNRS) depuis 1998 à l’Institut de Génétique Humaine (IGH), portent sur l'immunogénétique moléculaire, l'immunoinformatique, la bioinformatique et les maladies génétiques rares. Nous étudions la génétique, les structures, les fonctions et les répertoires des immunoglobulines (IG) des lymphocytes B et des plasmocytes, et des récepteurs des lymphocytes T (TR) sur les lymphocytes T, qui sont des composants essentiels de l'immunité adaptative chez les humains et autres vertébrés à mâchoires (Gnathostomata).

En 1989, IMGT®, the international ImMunoGeneTics® information system®, qui est à l’origine de l'immunoinformatique, a été créé par Marie-Paule Lefranc (Université de Montpellier et CNRS). Fondé sur les concepts d’IMGT-ONTOLOGY et les règles de l’‘IMGT Scientific chart’ développés par LIGM, IMGT® est devenu la référence mondiale en immunogénétique et immunoinformatique et un pionnier dans la résolution des défis immunoinformatiques. IMGT® est une marque déposée CNRS (EU, Canada et USA). IMGT® est certifié ISO 9001: 2008 depuis 2010 et NFX 50-900 depuis 2014.

IMGT® est spécialisé dans les protéines d'IG et TR et d'histocompatibilité majeure (MH) des vertébrés et dans la superfamille des immunoglobulines (IgSF), la superfamille des protéines MH (MhSF) et les protéines apparentées du système immunitaire (RPI) des invertébrés et vertébrés. IMGT® est une ressource de connaissance intégrée de haute qualité qui fournit un accès commun aux gènes, séquences et structures spécialement annotés. IMGT® comprend sept bases de données (IMGT/LIGM-DB, une base de données standardisée de 178.929 séquences nucléotidiques d’IG et TR avec traduction de 351 espèces en mai 2017; IMGT/GENE-DB, IMGT/CLL-DB, IMGT/PRIMER-DB, IMGT/2Dstructure-DB, IMGT/3Dstructure-DB et IMGT/mAb-DB), dix-sept outils interactifs et plus de 20.000 pages de ressources Web. IMGT/DomainGapAlign est largement utilisé pour l'ingénierie des anticorps et la conception d'anticorps humanisés car il permet la définition précise des FR-IMGT et CDR-IMGT et la comparaison standardisée des séquences d'acides aminés entre les domaines V non humains (souris, rat ...) et les gènes humains ‘germline’ les plus proches. IMGT/HighV-QUEST, le premier et à ce jour le seul portail en ligne pour les données IG et TR de séquençage de nouvelle génération (Next Generation Sequencing, NGS), a analysé à ce jour (avril 2017) plus de 12,5 milliards de séquences IG et TR, de 2043 utilisateurs (45% USA, 35% Europe, 20 % autres pays).

Depuis juillet 1995, IMGT® est disponible sur le Web. IMGT® est utilisé par des chercheurs et scientifiques, universitaires et d’entreprises pharmaceutiques et biotechnologiques, impliqués dans la recherche fondamentale, la recherche médicale (maladies auto-immunes et infectieuses, SIDA, leucémie, lymphome, myélome), la recherche vétérinaire, la génomique (la diversité du génome et l'évolution du système immunitaire adaptatif), la biotechnologie liée à l'ingénierie des anticorps pour l'humanisation d'anticorps thérapeutiques, le diagnostic (détection de maladies résiduelles minimales) et les approches thérapeutiques (greffes, immunothérapie, vaccination). Le serveur Web IMGT® à Montpellier est accessible par plus de 80 000 sites par an. IMGT® a une réponse exceptionnelle avec plus de 150.000 demandes par mois.

Les anticorps représentent un grand nombre de substances pharmaceutiques soumises au programme de la Dénomination Commune Internationale (DCI) de l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) (WHO INN). La définition INN des anticorps repose sur les concepts d’IMGT-ONTOLOGY. Depuis 2008, les séquences d'acides aminés des anticorps monoclonaux (mAb, INN suffix -mab), des protéines de fusion pour les applications immunitaires (FPIA) et des protéines composites pour les applications cliniques (CPCA) ayant un INN sont entrées dans IMGT®. Ces applications thérapeutiques mettent l'accent sur l'importance des concepts d’IMGT-ONTOLOGY pour faire le lien entre séquences et structures 2D et 3D des anticorps.

Un autre intérêt de recherche, en collaboration principalement avec l'Unité de Génétique Médicale, de l'Université St-Joseph, Beyrouth, et avec d'autres équipes en Tunisie et en Algérie et l'Hôpital pour Enfants de Boston (Pr Raif GEHA) concerne des déficiences immunitaires et des maladies génétiques autosomiques récessives rares dans les familles consanguines (il y a jusqu'à 25% de mariages entre cousins, souvent cousins germains et même double cousins germains). Les patients sont autozygotes (homozygotes par descendance) pour des gènes et des haplotypes mutés très rares, présents dans l'(les) ancêtre(s) commun(s) de leurs parents. Ces génotypes exceptionnels sont des points de départ inestimables pour permettre l'identification plus rapidement des gènes mutés encore inconnus. Leurs fonctions dans l'organisation cellulaire ou dans les voies de signalisation, y compris l’épigénétique et l’inhibition de l’expression par les microARN, sont démasquées et peuvent être étudiées. Le conseil génétique peut être effectué dans ces familles.

La meilleure compréhension de la base moléculaire de la pathophysiologie permet de faire les meilleurs choix dans le développement d'outils de diagnostic et de thérapies innovantes. Cette recherche est bénéfique non seulement dans le cas des maladies monogéniques, mais aussi celui des maladies complexes. En effet, la consanguinité, responsable aussi de l'homozygotie de grandes régions chromosomiques, identiques par descendance, permet de découvrir plus facilement les réseaux génétiques. Cette approche est également valable pour la recherche de susceptibilité ou de protection génétique contre les maladies infectieuses.


Membres

Sofia Kossida
Kossida Sofia
Gérard Lefranc
Lefranc Gérard
Marie-Paule Lefranc
Lefranc Marie-Paule
Patrice Duroux
Duroux Patrice
Géraldine Folch
Folch Géraldine
Joumana Jabado-michaloud
Jabado-michaloud Joumana
Morgane Bertignac
Bertignac Morgane
Karima Cherouali
Cherouali Karima
Agathe Goret
Goret Agathe
Saida Hadi-saljoqi
Hadi-saljoqi Saida
Anjana Kushwaha
Kushwaha Anjana
Viviane Nguefack ngoune
Nguefack ngoune Viviane
Perrine Pegorier
Pegorier Perrine
Mael Rollin
Rollin Mael
Anna Tran
Tran Anna
Benjamin Viart
Viart Benjamin
Véronique Giudicelli
Giudicelli Véronique
Merouane Elazami Elhassani
Elazami Elhassani Merouane

Publications

Inferred Allelic Variants of Immunoglobulin Receptor Genes: A System for Their Evaluation, Documentation, and Naming.

Ohlin M, Scheepers C, Corcoran M, Lees WD, Busse CE, Bagnara D, Thörnqvist L, Bürckert JP, Jackson KJL, Ralph D, Schramm CA, Marthandan N, Breden F, Scott J, Matsen Iv FA, Greiff V, Yaari G, Kleinstein SH, Christley S, Sherkow JS, Kossida S, Lefranc MP, van Zelm MC, Watson CT, Collins AM

2019 - Front Immunol, 10:435

Demander l'article complet30936866

Disease-biased and shared characteristics of the immunoglobulin gene repertoires in marginal zone B cell lymphoproliferations.

Xochelli A, Bikos V, Polychronidou E, Galigalidou C, Agathangelidis A, Charlotte F, Moschonas P, Davis Z, Colombo M, Roumelioti M, Sutton LA, Groenen P, van den Brand M, Boudjoghra M, Algara P, Traverse-Glehen A, Ferrer A, Stalika E, Karypidou M, Kanellis G, Kalpadakis C, Mollejo M, Pangalis G, Vlamos P, Amini RM, Pospisilova S, Gonzalez D, Ponzoni M, Anagnostopoulos A, Giudicelli V, Lefranc MP, Espinet B, Panagiotidis P, Piris MA, Du MQ, Rosenquist R, Papadaki T, Belessi C, Ferrarini M, Oscier D, Tzovaras D, Ghia P, Davi F, Hadzidimitriou A, Stamatopoulos K

2018 - J Pathol

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Recruitment of ubiquitin-activating enzyme UBA1 to DNA by poly(ADP-ribose) promotes ATR signalling.

Kumbhar R, Vidal-Eychenié S, Kontopoulos DG, Larroque M, Larroque C, Basbous J, Kossida S, Ribeyre C, Constantinou A

2018 - Life Sci Alliance, 1(3):e201800096

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Thymoquinone Potently Enhances the Activities of Classically Activated Macrophages Pulsed with Necrotic Jurkat Cell Lysates and the Production of Antitumor Th1-/M1-Related Cytokines.

Miliani M, Nouar M, Paris O, Lefranc G, Mennechet F, Aribi M

2018 - J Interferon Cytokine Res

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