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Sujet de thèse : équipe Seitz, IGH
Régulation génique par les microARN : de la molécule à l’organisme
La régulation de l’expression génique, et l’homéostasie, sont deux principes universels du vivant. Chacun a été bien étudié, et les méthodes d’analyse modernes ont permis des avancées majeures dans leur compréhension. Mais elles n’ont jamais été vues sous une perspective commune, alors qu’elles présentent un antagonisme naturel : la régulation des gènes tend à modifier les réponses des systèmes biologiques, alors que les mécanismes homéostatiques leur donnent de l’inertie. Du dialogue entre ces deux propriétés du vivant, semblent émerger des caractéristiques inattendues.
Le sujet de cette thèse concerne donc l’antagonisme entre l’homéostasie et un mode particulier de régulation des gènes : leur répression par les microARN. Ces ARN régulateurs ont la particularité de très peu réprimer leurs cibles (moins d’un facteur 2), tout en interagissant avec de très nombreuses cibles (quelques centaines de cibles par microARN chez les Mammifères). Les méthodes classiques d’identification des cibles, basées sur la biologie moléculaire et la bio-informatique, tendent à négliger cet effet quantitatif.
Le projet de thèse consiste à identifier, parmi les myriades d’événements de reconnaissance moléculaire entre microARN et ARNm, ceux qui provoquent des phénotypes à l’échelle de l’organisme, sans avoir été anéantis par l’atténuation homéostatique. La génétique de la Drosophile, la culture cellulaire, et les analyses bio-informatiques, offrent maintenant les outils qui permettent d’interroger finement les conséquences macroscopiques des interactions moléculaires (par édition du génome par CRISPR/Cas9, par les méthodes de biologie moléculaire à haut débit, par les mesures de conservation phylogénétique sur des centaines de génomes, ...).
Notre équipe est spécialisée dans la biologie des microARN, avec une activité qui se partage à parts égales entre biologie expérimentale et bio-informatique. Nous accordons un grand soin à l’encadrement des jeunes chercheurs (tous les anciens membres de l’équipe ont publié leurs travaux avec nous, et travaillent encore dans la recherche), et nous cultivons une tradition d’émulation des jeunes chercheurs par leur implication active dans la définition des stratégies et des projets de recherche. Nous sommes basés à l’institut de génétique humaine (UMR 9002, CNRS et univ. de Montpellier). Plus d’informations sur nos travaux et publications : sur le site web de l’équipe.
Les étudiants sont invités à présenter le concours de l’école doctorale CBS2 pour candidater.
