ARN non codants, épigénétique et stabilité génomique

Dynamique du génome

Les éléments transposables (ETs) sont des séquences d’ADN répétées capables de se multiplier en insérant de nouvelles copies dans le génome qu’elles parasitent. L’hôte se défend contre ces envahisseurs grâce à un phénomène d’immunité qui a été découvert très récemment et qui est très conservé dans tout le monde vivant, des bactéries aux animaux. Au cœur de ce mécanisme, le RISC (RNA-interfering silencing complex) résulte de l’association d’une des protéines de la famille Argonaute avec un petit ARN non codant qui la guide vers sa cible ARN par homologie de séquence. Le ciblage d’un ARN messager dans le cytoplasme provoque généralement sa dégradation (post-transcriptional gene silencing : PTGS) tandis qu’on observe plutôt une répression épigénétique (transcriptional gene silencing : TGS) quand un ARN naissant est ciblé par le RISC dans le noyau.
Notre groupe s’intéresse à la biogenèse et la fonction des complexes piRISC composé de piARN (Piwi-associated small RNAs) et d’une protéine Argonaute dans le modèle Drosophile. Ces piARN sont codés par des loci hétérochromatiniens appelés « piRNA clusters ».

Figure 1

Biogenèse et role des piARN dans les cellules germinales de Drosophile

Nous avons notamment montré que la protéine Argonaute Piwi est requise de façon transitoire pendant le développement embryonnaire pour y déposer une marque hétérochromatinienne essentielle (triméthylation de la lysine 9 de l’histone H3) qui sera ensuite maintenue pendant tout le reste du développement.

Figure 2

Au laboratoire, nous utilisons les dernières approches de séquençage à haut débit (small RNA-seq, RNA-seq, ChIP-seq) et de protéomique (spectrométrie de masse), combinées avec des outils de génétique et de biologie cellulaire et moléculaire (CRISPR/dCas9) afin d’étudier le rôle complexe des piRISC.

1331
OGIYAMA Yuki
Chercheur

148
PELISSON Alain
Chercheur

198
MUGAT Bruno
Gestionnaire parc binoculaires et injection
ITA


1615
NICOT Simon
Postdoc

1701
LUGAGNE Anais
Doctorant

PUBLICATIONS DE L'ÉQUIPE

The Mi-2 nucleosome remodeler and the Rpd3 histone deacetylase are involved in piRNA-guided heterochromatin formation

Bruno Mugat, Simon Nicot, Carolina Varela-Chavez, Christophe Jourdan, Kaoru Sato, Eugenia Basyuk, François Juge, Mikiko C. Siomi, Alain Pélisson & Séverine Chambeyron

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The somatic piRNA pathway controls germline transposition over generations.

Barckmann B, El-Barouk M, Pélisson A, Mugat B, Li B, Franckhauser C, Fiston Lavier AS, Mirouze M, Fablet M, Chambeyron S

Identification of misexpressed genetic elements in hybrids between Drosophila-related species

Lopez-Maestre H, Carnelossi EA, Lacroix V, Burlet N, Mugat B, Chambeyron S, Carareto CM, Vieira C

Piwi Is Required during Drosophila Embryogenesis to License Dual-Strand piRNA Clusters for Transposon Repression in Adult Ovaries

Akkouche, A., Mugat, B., Barckmann, B., Varela-Chavez, C., Li, B., Raffel, R., Pelisson, A., Chambeyron, S.

Transposable Element Misregulation Is Linked to the Divergence between Parental piRNA Pathways in Drosophila Hybrids

Romero-Soriano V, Modolo L, Lopez-Maestre H, Mugat B, Pessia E, Chambeyron S, Vieira C, Garcia Guerreiro MP

MicroRNA-Dependent Transcriptional Silencing of Transposable Elements in Drosophila Follicle Cells

Mugat B, Akkouche A, Serrano V, Armenise C, Li B, Brun C, Fulga TA, Van Vactor D, Pélisson A, Chambeyron S

Fast and Accurate Method to Purify Small Noncoding RNAs from Drosophila Ovaries

Grentzinger T, Chambeyron S.

Insect small non-coding RNA involved in epigenetic regulations

Chambeyron, S., Seitz, H.

A user-friendly chromatographic method to purify small regulatory RNAs

Grentzinger T, Armenise C, Pelisson A, Brun C, Mugat B, Chambeyron S.

Maternally deposited germline piRNAs silence the tirant retrotransposon in somatic cells

Akkouche A, Grentzinger T, Fablet M, Armenise C, Burlet N, Braman V, Chambeyron S. §, Vieira C§ (co-dernier auteur)

Epigenetics and transgenerational inheritance

Brasset E, Chambeyron S.

A user-friendly chromatographic method to purify small regulatory RNAs

Grentzinger T, Armenise C, Pelisson A, Brun C, Mugat B, Chambeyron S

piRNA-mediated transgenerational inheritance of an acquired trait

Grentzinger T, Armenise C, Brun C, Mugat B, Serrano V, Pelisson A, Chambeyron S.

PUBLICATIONS COMMUNES

Aubergine iCLIP Reveals piRNA-Dependent Decay of mRNAs Involved in Germ Cell Development in the Early Embryo

Barckmann,B., Pierson,S., Dufourt, J., Papin, C., Armenise, C., Port, F., Grentzinger, T., Chambeyron, S., Baronian, G., Desvignes, JP., Curk, T., Simonelig, M.
2015 - Cell Rep , 12(7):1205-1216 26257181
Service porteur : Régulation des ARNm et Développement

VARELA CHAVEZ Carolina
VARELA CHAVEZ Carolina
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JOURDAN Christophe
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Université de Montpellier
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SANTT Olivier
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PAYEN-GROSCHENE Genevieve
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CHARBONNEL Cyril
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GREENER Marc
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LAOUINI Dorsaf
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MEJLUMIAN Lucine
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CHU Purpan
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POPKOVA Anna
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ROBERT Valerie
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SALEME Marie-carmen
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Post-doc / Philadelphia USA.
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SAROT Emeline
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SOUAMES Semi
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SERRANO Vincent
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DAAKOUR Sarah
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AUDONNET Laure
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YOUNESY Amale
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Research Director working on “Non-coding RNA, epigenetics and genome stability”
Scientific Focus Areas: piRNA, chromatin, epigenetics, transposable elements, bio-informatics

Education

2011 - HDR, University of Montpellier I (France)
2002 - Ph.D. in Molecular Biology and Genetics - University of Montpellier II (France)
1998 - Master II - University of Montpellier I, (France)

Research Experience

2010-present - Group Leader (DR2) of Non-coding RNA, epigenetics and genome stability at IGH CNRS-UMR9002 (Montpellier, France).
2005-2009 - Project Leader (CR2) at IGH CNRS (Montpellier, France).
2002-2005 - Post-doctoral research associate at the MRC (Edinburgh, UK) in Prof. W. Bickmore lab.
1998-2002 - PhD studentship at IGH CNRS (Montpellier, France) in Dr. A. Bucheton lab.

Training activities

  • 2 PhD students supervision: T. Grentzinger (2010 - July 2013); M. El Barouk (2013 - December 2016)
  • 4 post-docs: Dr V. Serrano (2010-2012) ; Dr C. Varela Chavez (2014-2016) ; Dr A. Akkouche (2013-2016) ; Dr B. Barckmann (2016-2017)
  • 4 engineers since 2010: B. Mugat, C. Brun, C. Armenise and B. Li
  • Master students’ lab training (1 per year since 2010)
  • Teaching graduate students at French and European Universities every year (Paris, Montpellier and Zurich)

Addition Scientific Activities

2017 - Co-organizer of a symposium for the 20 years of the IGH
2015 - Co-organizer International Congres of Transposable Elements, Saint Malo, France
2015 - Co-organizer 29th French Drosophila Conference - Presqu’île du Ponant, France
2013 - Co-organizer of National Congres of Transposable Element”, Montpellier, France

Fellowships and awards

2016-present - Prime d’Excellence Scientifique, CNRS.

Current Grants:

2016-2017 - Partenariats Hubert Curien (PHC) PROCOPE 2017: Echange Allemagne – France.
2015-2017 - Fondation Cancer (ARC): Subvention.
2014-2017 - Fondation pour la Recherche Médicale (FRM): Programme Epigénétique « DEP20131128518 »

Previous Grants:

2013-2016 - Fondation ARC: Post-doctoral fellowship
2010-2014 - National Research Agency (ANR)
2010-2012 - Fondation pour la Recherche Médicale (FRM): Fellowship for a Bioinformatician
2009-2011 - Association pour la Recherche sur le Cancer (ARC): Subvention fixe
2009-2012 - Sequencing project by the GIS IBiSA Génoscope, Paris